31. gén tagging

Olyan eljárás, melynek során egy speciális DNS darab (rendszámtábla , azonositó matrica, "Tag" DNS, többnyire transzpozon) a sejtbe kerülve beépül egy génbe. Az így inaktivált, és mutánssá vált gén (mutáns allél) helye és fenotipusa meghatározható genetikailag is (térképezhető ponttá lett, a gén recessziv allélje lett ) és fizikailag is (klónozható, szekvenálható stb).A már ismert transzpozon szekvencia esetén fizikailag is meghatározható a hely (DNS-DNS hibridizálással kromoszómán, génkönytárban). A tag DNS-sel az adott gén helyén egy dominánsan is viselkedő (marker) allélt lehet létrehozni : pl egy antibiotikum, növényvédőszer, drog rezisztencia, jól érzékelhető fenotipust kiváltó gént (marker gént) is magával vitt a transzpozon, amelynek jelenléte jól kimutatható pl ránézésre, vagy antibiotikumot, drogot stb tartalmazó közegben ), így pl antibiotikum jelenlétében ,direkt szelekcióval (amikor csak azok az egyedek maradnak életben, akik rezisztensek pl az kérdéses antibiotikumra, a többiek elpusztulnak) kiemelhetők a "tag"-et hordozo egyedek, amelyekről ugyanakkor azt is tudjuk, hogy egy gént inaktiváltunk bennük, a gén ezen allélja recessziv, s a recessziv allél fenotipusábol azt is megfejthetjuk, hogy mi lehet az inaktivált gén valós szerepe, ha összehasonlitjuk a mutans és a vadtipusu egyedet. A  "tag", mint  a genom egy pontja  térképezhető pl a kapcsolási logikával, ha pedig a "tag"-t tartalmazo genom darabot klonozzuk, akkor vele együtt az elrontott gén egy darabját is klonozzuk. Ha  a klonozott darab szekvenciaját megismerjük, akkor azt is tudni fogjuk, hogy melyik rész a transzpozoné, s ami azon tul van az az inaktivált gén része. Most már a vadtipusu egyed szekvenciájában megkereshetjük ezt gén szakaszt, amely a vadtipusu allél része is. Ilymodon a gén vadtipusu alléljához juthatunk pl PCR reakcio és klónozas után.

9. ea 98-99. fólia

32. gén annotálás

A génről, termékéről, szekvenciájáról, ortológjáról, paralógjáról, evolúciojáról összegyűlt ismeretek feldolgozása, és rendszerezése bioinformatikai eszközökkel. Lehet akár predikció adott génszekvanciából (szekvenciaanalízis). A gén azonosítása történhet cDNS szekvencia alapján DNS chipek segítségével. Az  annotálás a mRNS szekvenciát jósolhatja. További kérdés lehet az adott fehérje szerkezete, funkciója, kölcsönhatása más fehérjékkel. A fehérje szerkezetét pl a bázissorrend, ill aminosavszekvencia alapján  már ismert fehérjékkel közös motívumok alapján történő összehasonlítással valószínűsíteni lehet stb.

2. ea 19-20. fólia

33. Hol helyezkedik el a TDF gén és mi a szerepe?

Az emlősök Y kromoszómája végén egy rövid szakasz (pszeudoautoszomális régió, 5%-a a kromoszómának), amely rekombinálódik az X-el a sejtosztódás profázisában (biztositandó az X és Y kromoszóma korrekt párba állását majd vándorlását az ellentétes pólusokra Anafázisban, s igy elkerülendő az aneuploidiákat). A nem rekombinálódó régión (NR, 95%) található  SRY szakasz (sex reversal regionY), ami a TDF (Testis Determinating Factor) génje. TDF tehát =  SRY, szinonimák. A gén nélkülözhetetlen a hím jelleg kialakulásához. Az ezen gén által kódolt tesztisz determináló faktor (TDF) az indifferens gonádtelepből iduló differenciálódás irányítása által hereszövet képződik. Ha nincs TDF (Y), a gonádtelepből petefészekszövet alakul ki.  XY karyotipusú női egyedben a SRY szakasz nincs meg az Y kromoszómáján. XX-es női zigotába (pl egérbe) ültetve az SRY gént (transzlokálva pl. valamely autoszómára), az hímmé fejlõdik, habár sterillé, mert a két X elnyomta a spermiogenezisét. Innen jön a gén SRY elnevezése, azaz sex reversal,szex megforditó gén.  Normális him, azaz XY karyotipusú, egyed , ha valamely autoszómájára transzlokálódott SRY(TDF) gént is hordoz, szuperhimmé fejlődik, amelynek utódai között  3-szor több lesz a fiú, mint a lány ( azaz 1:1 helyett 3:1). 

4.ea. 42-44fólia

34. Mit jelent: transzformer (tra) gén

Autoszomálisan elhelyezkedő gén, amely az ivari dimorfizmusért felelős. Pl. tra-/tra- Drosophila XX esetén nem nősténnyé fejlődik, hanem hímmé. Azaz a tra gén tra- allélja a nőstényt hímmé transzformálja, innen a gén neve. Nőstényben aktív fehérjét kódol az alternatív splicing után. A tra-/tra-  hermafrodita (AA,XX karyotipusú) C.elegans himmé fejlődik ( a normális,azaz tra+/tra+ him AA,X0 karyotipusú).
Megjegyzendő, hogy több transzformer gén van a genomban pl tra-1, tra-2, amelyek recessziv alléljainak fenotipusos hatása olyan, mint amelyet fent leirtunk.
3. ea 39. fólia

35. Mit jelent: szomatikus crossing overrel létrejött mozaik (SCO)

Az egyedfejlődés során valamely sejt mitózisakor crossing over zajlik le ( szomatikus crossing over = SCO). Emiatt az utódsejtek és azok klónjainak genetikai állománya eltérhet a zygotáétól, ill a többi sejtétől. Ha a rekombinácó olyan géneket érintett, amelyek pl testfelszíni struktúrát kódolnak, ez fenotípusosan is megjelenik pl. ikerfoltok, ikerklónok formájában.